Punta Arenas,
0d48ec9d-a119-4787-8781-70de66845b73-medium-standard-q100.png

SALFA-1024X439-700x300-1
UMAG1024X439-700x300
HIF-336x336-1
Banner-336X336
AQUACHILE-336x336-NEGRO
BANNER-OXISALUD-336X336-1
BANNER-DRONE-POLAR-336-x-336-px
SUPER-G-GIF
BANNER-PESCACHILE336X336
COVEPA ABRIL_336X336PX copia
GIF-AGUAS-MAGALLANES-1
Tabsa-250_Tabsa24
Copia-de-336-1
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
CROSUR INVIERNO 250
publiciteaqui250x250
BANNER-PESCACHILE336X336
BANNER-DRONE-POLAR-336-x-336-px
14HOME-Logo-Jordan
publiciteaqui250x250
Banner-de-336x336-pxl-e1706726686152
BANNER POLAR 250X250
8HOME-BANNER-RECASUR-336X336
banner-dap_250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250

15 de junio de 2023

COOPERACIÓN INTERNACIONAL PERMITE NOVEDOSOS ANÁLISIS DE DATOS PARA ESTUDIAR ESPECIES ANTÁRTICAS EN INACH

Un trabajo muy interesante es el que desarrolla el Dr. Cristian Chaparro, bioinformático chileno que se desempeña en el Laboratorio Interacciones Huésped-Patógeno-Ambiente (IHPE, por sus siglas en francés) de la Universidad de Perpignan, Francia, y que en los últimos años […]

Un trabajo muy interesante es el que desarrolla el Dr. Cristian Chaparro, bioinformático chileno que se desempeña en el Laboratorio Interacciones Huésped-Patógeno-Ambiente (IHPE, por sus siglas en francés) de la Universidad de Perpignan, Francia, y que en los últimos años se ha dedicado a estudiar cómo los organismos huéspedes interaccionan con los patógenos y cómo el ambiente puede influir en esta relación. Asimismo, en los últimos años ha desarrollado herramientas tecnológicas para identificar y anotar elementos genéticos transponibles, es decir, regiones del genoma que son duplicadas y se insertan en otros lugares del genoma. Estas técnicas se han empleado en otros proyectos de secuenciación de genoma de plantas como arroz, maíz, cacao y algas. 

Chaparro visitó recientemente el Instituto Antártico Chileno (INACH) en el marco de una cooperación internacional del proyecto del Dr. Rodolfo Rondón, investigador del Departamento Científico del INACH, que estudia el efecto de los nanoplásticos y nanometales en la expresión de genes y en la fisiología de la almeja antártica Laternula elliptica y donde coopera el Dr. Chaparro (Proyecto Fondecyt de Iniciación 11190802). 

La finalidad de esta visita era colaborar en técnicas de análisis de datos que no habían sido trabajadas hasta ahora, además de gestionar el servidor que se adquirió con fines de investigación. Asimismo, aprovecharon para hablar de futuras colaboraciones y llamados a fondos concursables nacionales e internacionales. 

Rondón explica que el Dr. Chaparro «está impartiendo cursos de análisis que nosotros todavía no hemos comenzado a trabajar aún. Estos cursos están en el marco de análisis de ensamblaje de genomas de organismos con núcleos (eucariotas), el análisis de accesibilidad de la cromatina de los cromosomas que se descompactan o compactan, permitiendo o no la expresión de los genes. Adicionalmente, nos está ayudando con el servidor dedicado a los análisis bioinformáticos en nuestro laboratorio. Con Cristian instalamos y pusimos a punto la plataforma Galaxy que nos permite hacer análisis que anteriormente teníamos que hacer en cooperación con otras universidades en Francia. Entonces, con nuestro servidor ahora podemos realizar análisis de forma más rápida e independiente», menciona.

El servidor es como un computador con una gran capacidad de cálculo, con memoria y almacenamiento para realizar varios trabajos en paralelo. «Consume mucha memoria y lo que normalmente podría hacer un computador en ocho meses, acá se logra en una semana. Entonces vamos a poder trabajar con el servidor del Instituto en vez de utilizar servidores públicos de otras universidades para el análisis de secuenciamiento masivo que producen de 40 a 80 millones de lecturas por cada muestra y todo se procesa en este tipo de programas», enfatiza el investigador del INACH. 

Investigación con la almeja antártica

En el proyecto que lidera Rondón están analizando muestras de branquias y glándulas digestivas de la almeja antártica luego de la exposición a nanopartículas plásticas y metálicas, realizando análisis desde lo más molecular, como lo es la expresión de genes, hasta el consumo de oxígeno, siendo este análisis macrofisiológico. También se han analizado los daños en proteínas y lípidos por el efecto de radicales libres, como consecuencia a la exposición a las nanopartículas. 

Se extrae el ARN (ácido ribonucleico) en el laboratorio y luego se envían a secuenciar las muestras de control a las que no se le aplica ningún tipo de estrés y otras muestras a las que sí se les aplican nanoplásticos y nanometales contaminantes, y la combinación de ambos. «Tenemos estos cuatro tratamientos, condiciones donde se ve qué genes se expresan, se sobreexpresan y se subexpresan en las almejas que se están sometiendo al estrés. Esto se realiza comparando esta gran cantidad de datos, de pequeñas secuencias de ARN, que se ensamblan y después se cuantifican. Así se puede ver qué genes se están sobreexpresando a causa de un contaminante o cuáles se dejan de expresar. Y de ahí nosotros vemos cuál es la función de estos genes y ponemos a prueba nuestras hipótesis», menciona el científico de INACH.

Por otro lado, «la idea a largo plazo es desarrollar una especie de modelo para hacer no solo este análisis, sino otros que involucren estudios genómicos y epigenéticos», destaca Rondón. 

Chaparro concuerda que es importante que se puedan aprovechar estas técnicas, ampliar los conocimientos que se tienen y obtener más experiencia en diferentes etapas de crecimiento de estos organismos antárticos. «La idea es tener un modelo que se pueda utilizar para responder a diferentes interrogantes como, por ejemplo, el impacto de las temperaturas o el efecto de los contaminantes. Esto idealmente para poder analizarlo en las mismas condiciones, acumular conocimiento y utilizar todo este conocimiento adquirido para el análisis. Esto es una parte de la bioinformática que es llamada biología integrativa que consiste en integrar los datos de diferentes fuentes y de diferentes técnicas para responder a una pregunta biológica», finaliza el bioinformático de la Universidad de Perpignan. 

El INACH es un organismo técnico del Ministerio de Relaciones Exteriores con plena autonomía en todo lo relacionado con asuntos antárticos de carácter científico, tecnológico y de difusión. El INACH cumple con la Política Antártica Nacional incentivando el desarrollo de la investigación de excelencia, participando efectivamente en el Sistema del Tratado Antártico y foros relacionados, fortaleciendo a Magallanes como puerta de entrada al Continente Blanco y realizando acciones de divulgación del conocimiento antártico en la ciudadanía.

Enfermera en Australia
Noticias
Relacionadas
Imprimir
GIF-AGUAS-MAGALLANES

​El periodo de inscripción se extenderá hasta el 24 de junio y los interesados deberán llenar con sus datos un formulario publicado en www.puntaarenas.cl.

​El periodo de inscripción se extenderá hasta el 24 de junio y los interesados deberán llenar con sus datos un formulario publicado en www.puntaarenas.cl.

Presentación bases Carnaval de Invierno 2024 (3)
nuestrospodcast
Foto 1 Primavera
HIF-336x336-1
Noticias
Destacadas

PHOME1-BUS-SUR-250x250-1
COVEPA ABRIL_250X250PX copia
VILLA-AVERDE250-x-250-px
BANNER-PESCACHILE336X336
marangunic-336
Banner-336X336
CROSUR INVIERNO 250
reunion iie
CROSUR INVIERNO 336
4HOME-CORCORANEXPRES_336X336PX
BANNER POLAR 2 336X336 (1)
8HOME-BANNER-RECASUR-336X336
6HOME-VILLA-VERDE-336
7HOME-BANNER-HORARIO-MERCADO-336
GASCOGIF336x336 LLAE
AQUA-CHILE-250x250-1
Tabsa-250_Tabsa24
Blumar_gift2
CASINO 250
BANNER-PESCACHILE336X336
9HOME-gift-blumar1
marangunic-336
ESPACIO URBANO 250x250
banner-edelmag-2-1
26HOMED-banner-dap_336x336
Banner-336X336
BANNER SANCHEZ DKOHOME250X250
SUPER-G-GIF
11HOME-BANNER-OXISALUD-336X336-1
FOTO MATHESON
11HOME-BANNER-OXISALUD-336X336-1
Yoppen 336x336
13HOME-BANNER-PESCACHILE336X336
14HOME-Logo-Jordan
banner_Tabsa24_300x300
CASINO 336
COVEPA ABRIL_336X336PX copia
GASCOGIF250x250 LLAE
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
19HOME-busesfernandez336-1
20HOME-Copia-de-336
publiciteaqui250x250
AQUA CHILE 336x336 (1)
DEPORTE 1
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
A_UNO_1568654
22HOME-abu-gosh336-1
SANTOTOMAS 336X336
ESPACIO URBANO 336x336
24HOME-BANNER-DRONE-POLAR-336-x-336-px
25HOME-clickestampados336
AQUA CHILE 336x336 (1)
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
publiciteaqui250x250
logobn (1)
Bories #871 Piso 2, Punta Arenas - Chile [email protected] / [email protected] +56 61 2241417 / +56 61 2241909
logopolartv
960 AM Para toda la region 96.5 FM Punta Arenas y Porvenir 98.5 FM Puerto Natales
radiow (1)
Canal 2 Tv Abierta Analoga. Canal 38.1 - 38.2 Tv Digital Canal 28 Tv Red, Punta Arenas Canal 77 Tv Red, Puerto Natales Canal 41 Claro, Puenta Arenas
© Copyright 2022 RadioPolar.com Todos los derechos reservados.